Родился в 1702 году в городе Комо, Италия, в семье дворян. В Испании, куда он прибывает, спасаясь от австрийской войны, он получает широкие полномочия по сбору пенсий потомков Монтесумы в Королевских кахасах Мексики.
Он отправился в Новую Испанию в 1736 году. В течение восьми лет своего пребывания он посвятил себя исследованию явлений Девы Гваделупской, собрав значительный графический и пиктографический материал. Он способствует увенчанию имиджа Гуадалупана, что вызывает недоверие у властей наместничества. Он взят в плен, а его коллекция разграблена. Спустя несколько месяцев, будучи депортированным в Испанию, он садится на корабль, который попадает в руки пиратов, которые бросили его в Гибралтаре.
С великими произведениями он прибыл в Испанию и связался с коллекционером Мариано Фернандесом де Эчеверриай Вейтиа, который добился своего оправдания, будучи назначенным Королевским летописцем Индии, - должность, которую Ботурини отказался посвятить написанию истории коренных народов. Хотя он так и не вернул свою коллекцию, он написал на ней Каталог Индийского музея. Его работы очень оригинальны и хорошо задокументированы. Он умер в Мадриде в неизвестную дату, между 1750 и 1755 годами.
