Археологические раскопки Икстепете, церемониального центра недалеко от города Гвадалахара в муниципалитете Сапопан, и недавние находки более чем двадцати шахтных гробниц в долине Атемахак позволяют сделать вывод о существовании важных занятий в классический период (200 г. BC-650 AD)
Незадолго до завоевания долину населяли по большей части группы кока и текуексов, которые собирались в небольших деревнях, зависящих от владений Тоналлан, которые без особого сопротивления были покорены Нуньо Бельтраном де Гусманом в 1530 году.
В конце следующего года Гусман предпринял завоевание на севере, доверив Хуану де Оньяте пересечь ущелье реки Сантьяго и, насколько это было возможно, но с осторожностью, нашел испанское население, не подвергая себя опасности. Таким образом, 5 января 1532 года недалеко от Ночистлана, в современном Сакатекасе, была основана Гвадалахара.
Неблагоприятные для поселенцев условия вызвали перенос этого города в Тоналу, но пребывание там было недолгим, и вскоре после этого латиноамериканцы поселились возле Тлакотана, где они оставались до 1541 года. Восстание каксканов, более известное как Миштонская война, он поставил под серьезную опасность испанское владение, он доходил до окрестностей Гвадалахары. Когда восстание было подавлено «огнем и кровью» могущественной армией во главе с вице-королем Антонио де Мендоса, город достиг мира, но остался без местной рабочей силы, поэтому в поисках этого они решили переселить население, найдя подходящих Валле-де-Атемахак, где 14 февраля 1542 года было заложено последнее и окончательное основание. Позже была подтверждена новость о том, что почти три года назад король пожаловал ему статус и привилегии города.
В 1546 году Папа Павел III учредил епископство Новой Галиции, а в 1548 году была учреждена одноименная Аудиенсия; Штаб-квартира обеих юрисдикций первоначально находилась в Компостеле, Тепик, пока в 1560 году не было приказано преобразовать ее в Гвадалахару, что сделало ее судебным главой огромной территории, которая тогда называлась Аудиенсией Гвадалахары, столицей Королевства Нуэва Галисия и резиденцией епископства. Поскольку каждый испанский город был нарисован, как шахматная доска, с площади Сан-Фернандо, а также по обычаю, районы коренных жителей Мехикальцинго, Аналько и Мескитан были исключены из плана. Процесс евангелизации был начат францисканцами, за ними последовали августинцы и иезуиты.
Постепенно, с трудностями и неудачами, но также и с успехами, Гвадалахара росла и утвердилась как экономический и властный центр, настолько, что в середине 18-го века значительное число богатых людей из Гвадалахары хотели, чтобы Нуэва Галисия с Нуэва Вискайя объединила полностью иностранное вице-королевство. в Новую Испанию цель не была достигнута, потому что на пороге были политико-административные реформы 1786 года, которые изменили территориальную структуру, разделив все вице-королевство на 12 муниципалитетов, одним из которых была Гвадалахара.
Во время колонии, особенно в 18 веке, экономический бум оставил архитектурное, культурное и художественное наследие, свидетельства которого до сих пор остаются в городе.
Выступления за независимость, которые проходили по всей территории Новой Испании, проникли в Халиско, так что, когда война за независимость разразилась в разных частях муниципалитета, начались восстания.
26 ноября 1810 года дон Мигель Идальго, командующий большой армией, вошел в Гвадалахару и был принят Хосе Антонио Торресом, который незадолго до этого взял город. Здесь Идальго издал указ об отмене рабства, гербовой бумаги и алькабалы и спонсировал издание повстанческой газеты El Despertador Americano.
17 января 1811 года повстанцы потерпели поражение на мосту Кальдерон, и войска роялистов Кальехи вернули Гвадалахару, приняв на себя командование Хосе де ла Крус, который вместе с епископом Кабаньясом подавлял любую вспышку восстания.
Провозгласив независимость в 1821 году, было построено свободное и суверенное государство Халиско, в результате чего Гвадалахара оставалась столицей государства и центром власти.
Нестабильность, которая царила в стране на протяжении большей части девятнадцатого века, усугубленная иностранными вторжениями, затрудняла, но не мешала государству, и особенно его столице, продолжать развитие в различных порядках. Наглядные примеры: во второй четверти века создание Института государственных наук; строительство школы искусств и ремесел, ботанического сада, тюрьмы и пантеона Вифлеема, а также открытие первых фабрик.
В начале 80-х годов появились городские трамваи для перевозки животных, в 1884 году было установлено электрическое освещение, в 1888 году появилась первая железная дорога в Мексике, а в 1909 году - в Мансанильо. В 90-х годах Дон Мариано Барсена основал Астрономическую обсерваторию и Промышленный музей.
Во время революции в Гвадалахаре имели место некоторые акты восстания против диктатуры Диаса, такие как забастовки рабочих и студенческие протесты, и Мадеро даже в 1909 и 1910 годах был встречен с большим сочувствием. Однако после этого не было никаких боевых событий. С другой стороны, столица Гвадалахара пережила своего рода застой, который закончился в 1930 году, когда был согласован мир, нарушенный войной Кристерос, что положило начало стремлению к модернизации, которое не закончилось.
См. Также Колониальные города: Гвадалахара, Халиско.
