Христианизация яки позволила религии распространиться в 1609 году, проникнув на территорию Соноры.
Во время Колонии Сонора соответствовала только склонам Западной Сьерра-Мадре, входившим в пределы этого образования. Регион, который бежал к северу от реки Яки, включая Реаль-де-ла-Сьенегилья, назывался Пимерия-Баха, а самый северный регион от Реала до реки Колорадо - уже в нынешнем североамериканском штате Аризона - назывался Пимерия-Альта.
Нынешняя территория Соноры также включает небольшой регион на юго-западе от того, что тогда было известно как Пимерия, расположенный в штате Чиуауа и Остимури, место, расположенное на побережье Калифорнийского залива, между реками Майо и Яки.
В 1614 году миссионеры Перес де Ривас и Педро Мендес христианизировали майя в районе Остимури, разделив миссию на три округа: Санта-Крус (в устье Майо), Навохоа и Тесия.
Тепаху были включены вместе с Корникари в 1620 году. Отец Мигель Годинес основал миссии в Сан-Андрес-де-Корникари и Асунсьон-де-Тепахуи. . В том же году был основан ректорат Сан-Игнасио, в который, помимо пяти ранее упомянутых миссий, входили миссии Бакума, Торина и Рахуна, расположенные в устье Яки.
В 1617 году яки были обращены в христианство родителями Пересом де Ривасом и Томасом Базилио. Несмотря на страдания от восстаний, беспорядков, мучений и убийств, преобразование Соноры было быстрее и безопаснее. К 17 веку иезуиты расширились и основали миссию Майкоба и Йекора в юго-западной части того, что они знали как Чинипас.
Миссии от реки Яки на севере были разделены на четыре ректора: в Сан-Борхе сгруппированы миссии: Кукумарипа и Текорипа. , основан в 1619 году; Мовас и Оновас в 1622 году; Сахуарипа в 1627 году; Матапе в 1629 году; Онапа в 1677 г. и Аривечи , в 1727 году. Ректорат трех святых мучеников Японии, в который входили Батуко, основанный в 1627 году, Опосура в 1640 году и Бакадегуачи. , Гуазавас , Санта-Мария-Басерака и Сан-Мигель-Бависпе , основан в 1645 году. И ректорат Сан-Хавьер, который объединил миссии Уреса в 1636 году; Аконки, Оподепе и Банамичи в 1639 году; Кукурпе и Ариспе в 1648 году и Куакьярачи в 1655 году.
В 1687 году миссионер Эусебио Франсиско Кино прибыл в Пимериа-Альта и начал миссию Ректората Нуэстра-Сеньора-де-лос-Долорес, основав Каборку, к которой был назначен Франсиско Хавьер Саэта, который поддерживает переписку со своей духовной поддержкой, отцом Кино; Атиль, Тубутама, Богоматерь Скорби из Сарика, Питикито, Айила, Окитоа, Магдалены, Сан-Игнасио, Кокосперы и Имуриса.
После изгнания иезуитов миссиями отвечали францисканцы, которые больше не строили и ограничивались попытками сохранить существующие. Когда иезуиты уже основали поселения в Синалоа и Соноре, они обратили свои взоры на территорию Калифорнии.
